Les nombreux vestiges archéologiques situés sur les montagnes à proximité du village : dolmens, baratz (cercles de pierre), prouvent une occupation du secteur datant du troisième millénaire avant J.C. pour les plus anciens.
Entre la fin du Ier siècle avant J.C. et le début du IIe siècle après J.C., Saint-Jean-le-Vieux a vu s’installer la plus importante garnison romaine de la région, c’est d’ailleurs le seul lieu de la région désigné dans l’Itinéraire d’Antonin (IIIe siècle ap. J.C.) sous le nom d’Immus Pyrenaeus (Pied des Pyrénées) : il était à la fois étape sur la voie romaine de Bordeaux-Astorga, poste militaire, et comptoir commercial.
Les fouilles du « camp Romain » situé au sud du village, effectuées entre 1965 et 1975, ont permis une mise au jour de fondations de bâtiments dont des thermes, ainsi que divers mobiliers (amphores, monnaies, céramiques, verre…). Ce site a été inscrit aux Monuments Historiques par arrêté du 27 septembre 1984. Le musée du village présente une vidéo ainsi qu’une partie du mobilier trouvé lors de ces fouilles.
Une motte féodale « Kaskohandi » ou « Kaskomendi » qui domine le site romain, est toujours bien visible. D’autres vestiges d’architecture ancienne ont été repérés sous l’actuel village, ainsi qu’au nord de celui-ci.
Saint-Jean-le-Vieux se nomme en basque Donazaharre, contraction de Donibane Zaharra (Le Vieux Saint-Jean). Dans les différentes archives du royaume de Navarre, Saint-Jean-le-Vieux était nommé en 1150 « Sancti Johannis de Cisera« , « Sant Iohan lo vieyll » en 1264, « Sant Johan el vieyllo » en 1350, « San-Juan-el-Viejo » en 1479 (chapitre de Bayonne), « San-Juan-lo-Bielh » en 1513 (chapitre de Pampelune), et « Sanctus-Petrus de Saint-Jean-le-Vieux » en 1685. Pendant la Révolution Française, Saint-Jean-le-Vieux fut appelé « Franche ».
Au Moyen-Age le village comptait cinq églises : Saint-Jean-Baptiste d’Urrutia, Saint-Pierre d’Usakoa, Sainte-Madeleine de la Recluse, la chapelle d’Arsoritzea, et la chapelle de Harrieta.
Pendant longtemps, le village se groupa autour de sa plus ancienne église, Saint-Jean d’Urrutia. Ce quartier était jadis le plus bâti et le plus fréquenté. Ce n’est qu’au début du XVIIème siècle que la cité se regroupe autour de l’église actuelle : Saint-Pierre d’Usakoa. Sur les cartes de Sanson de 1648, on ne lit encore qu’Urrutia mais la paroisse véritable devient Saint-Pierre d’Usakoa. C’est en 1803 que fut rattachée la paroisse Saint-Blaise d’Aphat Ospitalea.
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