L’église Saint-Pierre d’Usakoa est d’origine romane, elle date du XIIème ou du XIIIème siècle. Église de la paroisse de Zabalza, l’édifice ne devint église paroissiale de Saint-Jean-le-Vieux qu’au XVIIème siècle, pour remplacer l’ancienne église Saint-Jean-Baptiste d’Urrutia, qui tomba alors en décrépitude.
La première grande restauration connue semble s’être déroulée au début du XVIIème siècle sous l’impulsion de Martin Biscay, curé de 1613 à 1616, et de son frère, curé pendant 31 ans ainsi que le précise l’inscription latine sur le linteau du portail : VIZCAY RECTORE FUIT REPARATIO surmonté d’une pierre portant la date 1630 et un chrisme.
Ce portail de style roman se compose de trois archivoltes, soulignées par une frise de fleurettes, s’épanouissant autour du tympan selon un demi-cercle. Deux des archivoltes reposent sur des colonnes indépendantes, à chapiteaux ornés de palmes et de volutes, d’entrelacs, de feuillages.
Sous le porche, plus récent, se trouvent au sol d’anciennes pierres tombales. Traditionnellement, il s’agit souvent de celles des maisons les plus anciennes, des curés de la paroisse et des benoîtes.
L’agencement intérieur est typique des églises basque avec une nef centrale voûtée en plein cintre au plafond en bois peint. Deux galeries supérieures en bois sculptées entourent la nef centrale selon la disposition traditionnelle des églises en Pays Basque. Durant les offices, les femmes se placent en bas et les hommes dans les tribunes supérieures, permettant ainsi aux chants de se répondre, les couplets étant chantés par les femmes et les refrains repris par les hommes.
Dans le chevet, le retable du maître-autel est en bois sculpté et doré. Daté du XVIIe siècle il a été restauré en 1866 ; s’y trouvent cinq tableaux à l’huile sur toile du début du XIXe siècle, dont celui du milieu représentant l’évasion de saint Pierre délivré par un ange. L’ensemble a été inscrit au titre d’objet du Patrimoine National en 1973.
Le clocher-mur est percé de deux baies et recouvert de bois et d’ardoises pour les trois autres côtés qui reposent, à l’intérieur, sur les poutres soutenant elles-mêmes les tribunes.
L’ensemble est inscrit aux Monuments Historiques par arrêté du 1er septembre 1986.
Depuis quelques années, ce clocher abrite un couple de chouettes effraies, également appelées « dames blanches » ou « effraies des clochers ». Rapaces nocturnes, leur vol est le plus silencieux de tous les oiseaux de la planète, grâce aux petites dentelures de leurs plumes. Cette forme a inspiré les éoliennes et les ventilateurs pour l’informatique. Espèce en déclin, elle est protégée en France depuis 1981.
Dans le cimetière attenant, à gauche de l’entrée, on peut voir de beaux exemples de croix navarraises en pierre taillée caractéristiques par leur base en accolade et les demi-disques terminant leurs bras.