Egalement appelée Sainte Madeleine de Beigbeder (Betbeder), elle est située à un peu moins de 2 km à l’Ouest du centre du village, dans le quartier de la Madeleine.
L’église, qui apparaît en 1328, est la chapelle d’un prieuré relevant de Lahonce, fondé par les Prémontés venus de l’abbaye de la Case-Dieu. Cet ensemble, lié au chemin de pèlerinage, comportait un hôpital.
L’édifice devint chapelle privée des seigneurs d’Irumberri, les dalles funéraires de la famille s’y trouvent à l’intérieur, avant de devenir, en 1568, l’annexe de l’église paroissiale Saint-Laurent d’Ispoure.
C’est en 1828 que la paroisse de La Madeleine fut réunie à Saint-Jean-le-Vieux.
Le clocher, clocher-mur à l’origine, fut transformé en clocher-tour précédé d’un porche au 19e siècle.
L’édifice présente un plan allongé à vaisseau unique d’une grande simplicité, avec chevet plat à l’Est et clocher-mur à deux baies campanaires à l’Ouest. On observe encore dans l’appareil du mur gouttereau Nord la trace d’une porte en arc brisé qui devait être la porte des cagots.
Le cimetière abrite de belles stèles discoïdales du XVIIe siècle en pierres taillées et moulurées inscrites au Patrimoine National.
L’ensemble de l’édifice est inscrit aux Monuments Historiques par arrêté du 19 mars 2008.